W 1947 r. został profesorem zwyczajnym Uniwersytetu Warszawskiego. Przez wiele lat kierował Katedrą Prawa Cywilnego i Prawa Cywilnego Porównawczego, jako doskonały dydaktyk wychował rzesze młodzieży prawniczej. W latach 1947-1949 był dziekanem Wydziału Prawa, a w okresie 1950-1952 został rektorem Uniwersytetu Warszawskiego. Od 1952 r. kierował Zakładem Nauk Prawnych PAN. Sprawował funkcję: sekretarza naukowego Wydziału Nauk Społecznych PAN, przewodniczącego Komitetu Nauk Prawnych PAN oraz członka rzeczywistego Polskiej Akademii Nauk. Został uhonorowany tytułem doktora honoris causa Uniwersytetu Wrocławskiego oraz Uniwersytetu Karola w Pradze.

Był również członkiem honorowym Zrzeszenia Prawników Polskich, członkiem Komisji Kodyfikacyjnej RP w okresie międzywojennym, stałym uczestnikiem prac kodyfikacyjnych w dziedzinie prawa cywilnego w PRL, głównym referentem projektu kodeksu cywilnego, współreferentem projektu kodeksu rodzinnego i opiekuńczego oraz przewodniczącym Komisji Kodyfikacyjnej przy Ministrze Sprawiedliwości. Zainicjowal prace kodyfkacyjne w PRL, które doprowadziły w latach 1964-1965 do uchwalenia przez Sejm kodeksu cywilnego, kodeksu rodzinnego i opiekuńczego oraz prawa międzynarodowego.

Jest autorem wielu dzieł głównie z zakresu prawa własności, m.in.: "Zagadnienie waloryzacji zobowiązań prywatno-prawnych...", "Własność i inne prawa rzeczowe", "Typy i formy własności w projekcie Konstytucji PRL", "Zarys prawa rzeczowego", "Prawo własności w PRL", "Pojęcie własności we współczesnym prawie polskim", oraz współautorem 4 tomowej "Encyklopedii podręcznej prawa prywatnego"(1932 r.). Jan Wasilkowski był współtwórcą naukowym i politycznym systemu prawnego PRL w zakresie cywilistyki.
Od 12 listopada 1956 r. do 22 maja 1967 r. sprawował funkcję Pierwszego Prezesa Sądu Najwyższego. Brał czynny udział w życiu politycznym i społecznym kraju. Należał do PPS, od 1948 r. do PZPR. Na IV Zjeździe PZPR wybrany został członkiem KC PZPR. Był posłem na Sejm PRL III, IV, i V kadencji, a od 1969 r. Przewodniczył Sejmowej Komisji Wymiaru Sprawiedliwości Sejmu IV i V kadencji. W uznaniu zawodowych, społecznych i politycznych zasług prof. dr Jan Wasilkowski posiadał wiele odznaczeń państwowych łącznie z Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski. Jan Wasilkowski osobistym zaangażowaniem, wiedzą i autorytetem pracownika nauki, skutecznie oddziaływał na wzrost kompetencji Sądu Najwyższego.
Profesor dr Jan Wasilkowski zmarł 14 lipca 1977 r.