Dla większości szczepionek równie niekorzystne jest zarówno zamrożenie, jak i przegrzanie. Szczególnie źle wpływa zamrożenie na szczepionki w postaci płynnej. Podanie szczepionki, która była nieprawidłowo przechowywana lub transportowana może spowodować poważne zagrożenie dla zdrowia a nawet życia. Farmaceuta sprzedający szczepionkę powinien poinformować kupującego o szczególnych warunkach przechowywania i transportu szczepionek oraz jeśli to konieczne, wydać odpowiednie termoizolacyjne opakowanie transportowe.

Szczepionka kupowana w aptece powinna być w jak najkrótszym czasie przetransportowana w opakowaniu zabezpieczającym przed zmianami temperatury do miejsca użycia (gabinet szczepień) lub umieszczona w lodówce, jeśli wizyta w punkcie szczepień zaplanowana jest w późniejszym terminie. W lodówce należy umieścić szczepionkę na środkowej półce zabezpieczając przed dosunięciem do tylnej ściany lodówki (grozi zamrożeniem) oraz uszkodzeniem opakowania (zamykana torebka foliowa). Nie należy szczepionki umieszczać na drzwiach lodówki, ponieważ są tam narażone na największe wahania temperatury. Nigdy nie należy umieszczać szczepionek w zamrażalniku lub zamrażarce.

Szczepionki mogą być transportowane bez specjalistycznych opakowań wyłącznie jeśli temperatura powietrza nie przekracza 25 stopni Celsjusza przez czas do 60 minut. Jeśli transport jest dłuższy lub temperatura powietrza wynosi powyżej 25 stopni Celsjusza, konieczne jest zastosowanie opakowania termoizolacyjnego (np. termotorba, pudełko ze styropianu z wkładem chłodzącym, termos).

Lekarz lub pielęgniarka, którzy mają wykonać szczepienie powinni upewnić się, czy szczepionka była przechowywana i transportowana przez pacjenta zgodnie z zaleceniami producenta. Jeśli nie ma pewności do prawidłowości tych procedur lub jeśli ewidentnie doszło do naruszenia zasad „zimnego łańcucha” szczepionka nie może być podana. Jeśli błąd jest po stronie pacjenta należy szczepionkę zniszczyć zgodnie z lokalnymi procedurami, jeśli niewłaściwa była informacja farmaceuty, szczepionkę należy zwrócić do apteki.